Bienvenue sur le nouveau site de Gustave Roussy
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Génomique Fondamentale / Biopathologie moléculaire
Unité mixte de service de rattachement
US23 – AMMICa
Type de plateforme
Plateforme technologique
Responsable scientifique
Pr Nathalie DROIN / Pr Damien VASSEUR
Thématiques de recherche
Epigénétique, Génomique, Multi-omics, Protéomique, Single-cell, Transcriptomique
Résumé
La plateforme de génomique a pour mission de caractériser les cancers et modèles expérimentaux grâce à des approches innovantes et met son expertise au service de la recherche clinique et translationnelle. Elle dispose d’espaces dédiés à l’extraction, au contrôle qualité, à la ddPCR, aux analyses unicellulaires, à la préparation de librairies et au séquençage à haut débit depuis 2011 (NovaSeq6000, NextSeq2000, MiniSeq de chez Illumina). L’analyse comparative ADN tumoral/normal (WES, WGS) est en partie externalisée afin d’intégrer les innovations récentes. L’acquisition des ChromiumX (10X Genomics) a permis des avancées majeures dans les études à l’échelle unicellulaire pour explorer l’hétérogénéité tumorale et identifier des populations rares. En 2021, la plateforme s’est enrichie du Tapestri (MissionBio) pour l’analyse unicellulaire des mutations et des CNV et du PromethION 48 (Oxford Nanopore Technologies) pour le séquençage des grands fragments et l’étude des modifications épigénétiques. Elle propose un accompagnement complet permettant une caractérisation fine d’échantillons variés, dont FFPE et biopsies liquides. Elle assure aussi le transfert technologique innovant vers la clinique et réalise des analyses pour des études prospectives et certains projets ciblés, en collaboration avec chercheurs, cliniciens et partenaires. Certifiée ISO 9001 depuis 2014, elle garantit qualité et traçabilité.
En 2026, elle intègre les analyses unicellulaires sur noyaux FFPE avec le kit Flex v2 et le dosage de cytokines et biomarqueurs (panel OLINK REVEAL), combinant NGS et protéomique à grande échelle.
ISO9001:2015-AFNOR : DETECTION D’ANOMALIES GENIQUES A PARTIR DE PRELEVEMENTS BIOLOGIQUES HUMAINS PAR DES TECHNIQUES D’ANALYSES MOLECULAIRES/ DETECTION OF GENETIC ABNORMALITIES FROM HUMAN BIOLOGICAL SAMPLES VIA MOLECULAR BIOLOGY TECHNIQUES
Offre de services
Exomes/Capture à façon/panel CGP
Whole Genome :
Natif (Long et short read)
shWGS double/single strand (short read/FFPE/ctDNA)
Librairies CHIP-Seq/DRIP-Seq
RNAseq :
Bulk PolyA (short Read)
Bulk capture (short Read/FFPE)
Bulk Ribodépletion (short Read/FFPE)
Natif (Long Read)
Single Cell RNAseq :
Single Cell 3'RNAseq GE (long et short read)
Single Cell 5'RNAseq GE/TCR/BCR (long et short read)
Single Cell 3'RNAseq GE Multiplex (OCM pour les cellules/FLEX pour le FFPE)
Single Cell 3'RNAseq GE + ATAC
Single Cell DNAseq : Via le Tapestri
Prestation de séquençage : Novaseq6000 / Nextseq2000 / MiniSeq : toutes sortes de librairies (ATAC-Seq - Cut&Tag, GE SMARTER, Rhapsody, PARSE,GeoMX, VISIUM HD...)
Dosage protéomique :
OLINK Target 96
OLINK Target 48
OLINK Reveal
OLINK Flex
cdPCR (cristal digital PCR Stilla-Biorad) :
Cibles validées SNV-CNV-Virus-etc.(Frais/FFPE/ctDNA)
Développement de cible à façon (multiplex de 2 à 21 cibles)
Nous contacter
Si vous envisagez de nous confier une analyse, contactez-nous pour en savoir plus sur les options disponibles, définir la prestation, et établir un devis : contact-genomique@gustaveroussy.fr
Equipe
LEITE Betty
TECH - Technicien de recherche ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
RENARD Audrey
TECH - Technicien de recherche ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
DELRIEU Loris
IE - Ingénieur d'études ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
DEBREYNE Hubert
IE - Ingénieur d'études ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
FRANCILLETTE Maela
IE - Ingénieur d'études ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
FRANCILLETTE Maela - Responsable scientifique plateforme
DR - Directeur de recherche et assimilés
Employeur : Inserm
DUGAT Sylvain
IE - Ingénieur d'études ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
LACROIX Ludovic
PH - Praticien hospitalier
Employeur : Gustave Roussy
ROULEAU Etienne
PH - Praticien hospitalier
Employeur : Gustave Roussy
SAULNIER Patrick
IR - Ingénieur de recherche ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
PATA MERCI DE LUCA Noemie
TECH - Technicien de recherche ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
MOREAU Maeva
TECH - Technicien de recherche ou assimilé
Employeur : Gustave Roussy
Publications clés
Contact
- Adresse
-
Pavillons de recherche
20, rue du Dr Pinel
94 800 Villejuif
Responsable opérationnel de la plateforme