Génomique translationnelle du cancer

Notre équipe de génomique translationnelle du cancer, qui fait partie de l’IHU-PRISM, décrypte l’architecture génétique des tumeurs malignes, en ciblant la mutagenèse induite par les lésions et les mécanismes de résistance aux traitements. Nous étudions comment les cellules normales se transforment en cellules cancéreuses et évoluent sous l’effet des traitements antinéoplasiques afin d’améliorer les résultats cliniques. Nos recherches sur la mutagenèse explorent comment les facteurs de stress façonnent le paysage mutationnel ; nous modélisons notamment les cancers de la peau exposés aux UV et menons des recherches sur le xeroderma pigmentosum en collaboration avec l’association « Les Enfants de la Lune » afin d’étudier les défaillances de la réparation de l’ADN. Nous analysons des cancers avancés traités par des thérapies génotoxiques afin de déterminer comment les agents endommageant l’ADN influencent les trajectoires mutationnelles et de prédire l’efficacité du traitement. Parallèlement, nous étudions la résistance thérapeutique en comparant les profils génétiques, épigénétiques et transcriptionnels des tumeurs primaires à ceux des tumeurs réfractaires. Notre analyse de cohorte META-PRISM, menée à Gustave Roussy, utilise le séquençage de l’exome entier et le séquençage de l’ARN (RNA-seq) à tous les stades de progression afin d’améliorer la prédiction de la survie et d’optimiser la sélection des patientes pour les essais de phase I dans le cancer du sein avancé. En collaboration avec Sanofi, nous étudions la résistance du cancer du poumon aux inhibiteurs de tyrosine kinase, en utilisant le scRNA-seq, l’ATAC-seq et le scDNA-seq pour caractériser la phase persistante de l’évolution du cancer. Dans le cadre du consortium MyProbe, nous identifions, à partir de vastes cohortes, des marqueurs épigénétiques et sous-clonaux de résistance aux traitements hormonaux dans le cancer du sein HR+. Ces travaux s’appuient sur notre infrastructure bioinformatique, qui développe des pipelines permettant l’identification des variants somatiques et germinaux à partir de données de séquençage du génome entier, de l’exome ou de panels ciblés. Cela permet de déterminer la pureté tumorale, l’instabilité microsatellitaire et la charge mutationnelle, tandis que nos pipelines dédiés à l’ARN assurent l’identification des fusions géniques et la déconvolution du microenvironnement. Les variants sont annotés à l’aide des bases de données OncoKB et CiViC, ce qui garantit que nos validations en laboratoire des anomalies de réparation de l’ADN s’appuient sur des données génomiques précises.